En général il y a une petite réserve d'air autour des oeufs, d'ailleurs c'est ce qui permet aussi les échanges d'oxygène/gaz carbonique avec la poche d'air dans l'oeuf. L'air est effectivement plus rare dans la terre mais cela reste suffisant pour que la tortue puisse s'extraire du nid sans en manquer. En général les petites tortues une fois nées ne tardent pas à sortir de leur nid. En incubateur elles peuvent prendre plus de temps, le stress du manque d'oxygène n'étant pas présent.
Mais cela peut arriver si la terre est trop dure ou si les petites sont trop affaiblies pour sortir du nid elles meurent asphyxiées.